东京神学大学于1949年作为新体制大学开学，其起源可以追溯到明治初期的布朗私塾，是由日本东部神学校、日本西部神学校、日本女子神学校以及接近50所神学校机构合流后形成的神学教育机构。由日本基督教团作为合同神学校而设立的东京神学大学，一直继承着综合日本新教全部实力所孕育出的最高传统。东京神学大学的丰富建学精神及传统的特质大致分为两点。一是为了对福音加以阐明所进行的自由阔达的共同探求，另一个则是以培养宣传福音的传道者为使命和课题。